Сотрудник СК по ЯНАО Александр Варапаев, проводивший проверку по факту гибели оппозиционного политика Алексея Навального в колонии и отказавшийся в итоге возбуждать уголовное дело, пошел на повышение, обратила внимание «Вёрстка».
Так, в феврале — на момент начала проверки в связи со смертью Навального — Варапаев был следователем по особо важным делам, но уже в апреле он начал подписывать документы как заместитель руководителя отдела по расследованию особо важных дел. Эту же должность Варапаев указывает в постановлении об отказе в возбуждении дела о смерти оппозиционера.
15 августа стало известно, что СКР не стал возбуждать уголовное дело по факту смерти Алексея Навального. В подписанном Варапаевым постановлении говорится, что причиной смерти политика якобы стало «комбинированное заболевание» и внезапно возникшая в результате этого аритмия.
Алексей Навальный скончался 16 февраля в исправительной колонии № 3 в поселке Харп. По информации УФСИН по Ямало-Ненецкому автономному округу, политику стало плохо во время прогулки, после чего он потерял сознание. Прибывшие медики пытались его реанимировать более получаса, однако спасти жизнь Навальному им не удалось.
После этого тело Алексея доставили из колонии в Харпе в Салехард. Представители СК РФ сообщили адвокатам и матери политика, Людмиле Навальной, что нужно будет провести химическую экспертизу, которая продлится 14 дней. При этом в доступе к телу на протяжении данного времени родственникам и адвокатам отказали.
По словам директора ФБК Ивана Жданова, после назначения Варапаева ответственным за проверку смерти Навального следователь лично звонил матери политика и требовал захоронить его тайно. Аморальные действия силовиков вызвали волну недовольства в обществе, после которой 24 февраля тело оппозиционера все-таки отдали родным. В медицинском заключении было указано, что он скончался от «естественных причин».
1 марта Навальный был похоронен в Москве на Борисовском кладбище. На прощание с политиком, несмотря на риски репрессий, пришли тысячи человек, в том числе политики Евгений Ройзман, Борис Надеждин и Екатерина Дунцова, а также представители посольств Франции, Германии и США.
Через три дня после внезапной смерти Алексея Навального президент России Владимир Путин присвоил специальное звание генерал-полковника первому заместителю директора ФСИН России Валерию Бояриневу.
По данным «Вёрстки», следователь Александр Варапаев в 2006 году в возрасте 18 лет был осужден за применение насилия в отношении представителя власти и за оскорбление представителя власти (ст. 318 и 319 УК РФ). Также он неоднократно нарушал ПДД, за что был лишен водительских прав.